Pada masa pendudukan Jepang, Yogyakarta diakui sebagai Daerah Istimewa atau Kooti dengan Koo sebagai kepalanya, yakni Sri Sultan Hamengku Buwono IX. Di bawah Kooti, secara struktural ada wilayah-wilayah pemerintahan tertentu dengan para pejabatnya. Daerah Istimewa Yogyakarta (DIY) Pemerintah telah menetapkan Yogyakarta menjadi Daerah Istimewa melalui UU Nomor 3 Tahun 1950 tentang Pembentukan Daerah Istimewa Jogjakarta. UU ini telah mengalami perubahan beberapa kali. Terakhir, pemerintah mengeluarkan UU Nomor 13 Tahun 2012 tentang Keistimewaan Daerah Istimewa Yogyakarta sebagai payung hukum. Adapun daerah-daerah yang menjadi kekuasaannya adalah Mataram (Yogyakarta), Pojong, Sukowati, Bagelen, Kedu, Bumigede dan ditambah daerah mancanegara yaitu; Madiun, Magetan, Cirebon, Separuh Pacitan, Kartosuro, Kalangbret, Tulungagung, Mojokerto, Bojonegoro, Ngawen, Sela, Kuwu, Wonosari, Grobogan. Sebagai daerah istimewa yang dipimpin secara turun-temurun, Yogyakarta memiliki kewenangan untuk mengatur dan mengurus wilayahnya sendiri. Sebab, pemerintahan masih dipegang langsung oleh Sultan dan Adipati. Dengan demikian, Yogyakarta disebut sebagai Daerah Istimewa karena sudah memiliki pemerintahan sendiri sejak 1755, sebelum Indonesia .

pemerintah daerah istimewa yogyakarta